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양도세 장기공제 개편, 2029년부터 보유 대신 거주만 인정

APT margin 정리, 2026.8.6, 자료 재정경제부 2026 세제개편안 상세본


서울 아파트 단지 전경. 자료 픽사베이

오래 가지고 있으면 세금을 덜 낸다는 것이 지금까지 양도소득세 장기보유특별공제의 기본 셈법이었습니다. 이번 개편안은 이 셈법을 2029년까지 걸쳐 뒤집습니다. 오래 가진 것보다 오래 산 것이 공제를 결정하는 쪽으로 옮겨갑니다.

이름부터 바뀐다

현행 장기보유특별공제는 이번 개편안에서 주택과 주택 외로 나뉩니다. 주택분은 장기거주소득공제, 주택 외 부동산분은 장기보유소득공제로 이름이 바뀝니다. 이름을 나눈 이유 자체가 주택은 거주를, 주택 외는 보유를 기준으로 삼겠다는 뜻입니다.

1세대 1주택자를 기준으로 보면 지금은 보유 연4%와 거주 연4%를 더해 최대 10년, 최대 80%까지 공제받습니다. 두 요소가 나란히 같은 비중으로 들어가 있는 구조입니다.

2027년에서 2029년까지

2027년은 현행과 같습니다. 보유 연4%, 거주 연4%로 최대 80%를 채우는 구조가 그대로 유지됩니다. 변화는 2028년부터 시작됩니다.

2028년에는 거주 연6%와 보유 연2%로 비중이 옮겨갑니다. 최대 공제율 80%와 10년이라는 기간은 그대로지만, 그 안에서 거주가 차지하는 몫이 커집니다.

2029년부터는 보유공제가 아예 사라지고 거주 연8%만 남습니다. 10년을 채워 최대 80%를 받으려면 그 10년 동안 실제로 거주한 기간이 있어야 한다는 뜻입니다. 그저 오래 보유하기만 해서는 이 공제를 채울 수 없습니다.

공제에 처음 생기는 한도

지금은 공제율만 정해져 있고 금액 한도는 없습니다. 양도차익이 아무리 커도 요건만 채우면 최대 80%까지 그대로 빠집니다. 이번 개편안은 여기에 처음으로 상한선을 둡니다.

2028년에는 20억원, 2029년에는 10억원입니다. 양도차익이 이 금액을 넘어서면 초과분에 대해서는 공제가 적용되지 않는 구조로 읽힙니다. 이 20억원과 10억원은 양도소득세 쪽 공제 한도이고, 앞서 다룬 종합부동산세 세액공제 한도 800만원과 600만원과는 전혀 다른 제도이니 구분해서 봐야 합니다.

다주택자 가운데 비조정대상지역 주택을 파는 경우도 같은 방향으로 움직입니다. 지금은 보유 연2%로 최대 15년, 30%까지 공제받는데, 2028년에는 보유 연1% 또는 거주 연2% 가운데 하나를 골라야 하고, 2029년부터는 거주 연2%만 남습니다. 조정대상지역 주택을 파는 다주택자는 지금도 이 장기보유특별공제 자체가 배제돼 있어서 이번 개편의 영향을 받지 않습니다.

셈법이 뒤집히는 실제 의미

지금까지는 한 채를 오래 가지고 있기만 해도 공제가 쌓였습니다. 실거주하지 않고 세를 주며 보유만 이어간 1주택자도 보유 연4%만큼은 확보할 수 있었습니다. 2029년부터는 이 경로가 사라집니다.

반대로 거주 기간을 채운 사람은 지금보다 더 큰 비중의 공제를 받게 됩니다. 다만 최대 공제율 80%와 10년이라는 상한 자체는 바뀌지 않아서, 거주 기간을 아무리 늘려도 공제가 무한정 커지지는 않습니다.

확정된 세법은 아직 아닙니다. 정기국회 제출을 앞둔 정부안이고, 시행은 2028년과 2029년에 나뉘어 있습니다. 지금 매수해 오래 보유할 계획이라면 그 기간 동안 실제로 거주할 것인지를 미리 정해 두는 편이 계산이 쉬워집니다.

여기까지가 오늘의 계산입니다. APT margin.